Президиум Ассоциации является экспертно-консультационно-совещательным организационным структурным органом Ассоциации. Решения Президиума носят рекомендательный характер для всех членов Ассоциации и его органов управления. Члены Президиума определяются Общим Собранием Членов Ассоциации. Члены Президиума принимаются на безвозмездной основе, формируются с разных отраслей предприятий, государственных, не государственных, коммерческих и некоммерческих учреждений, а также представителями Правительства Республики Казахстан, и  участвуют в консультационно-совещательных вопросах.

Президиум осуществляет стратегическое руководство Ассоциацией, определяет курс ее дальнейшего развития:

- оказывает содействие Ассоциации во взаимодействии с органами государственной власти и управления, неправительственными, общественными и международными организациями;
- содействует реализации программных документов, принятых Общим Собранием членов Ассоциации и/или Правлением Ассоциации;
- привлекает средства для финансирования Ассоциации и способствует формированию материально-технической базы Ассоциации;
- обеспечивает учёт интересов конкретных отраслей и секторов экономики в текущей деятельности Ассоциации;
- принимает решение по представлению к государственным наградам от имени Ассоциации и по награждению наградами самой Ассоциации;
- вносит иные предложения по повышению эффективности деятельности Ассоциации.

Путем открытого голосования на Съезде был избран Председатель Президиума Ассоциации Хаиров Ерлан Картаевич – Председатель Комитета по инвестициям Министерства индустрии и новых технологий Республики Казахстан

В состав Президиума вошли:

1. Бортник М.М. - Депутат Сената Парламента РК;
2. Маселов М.Х. – Руководитель ГУ «Управление администрирования специальной экономической зоны «Астана – новый город»
3. Сақ Н.И. - Председатель Правления «Управляющая Компания СЭЗ «Хоргос – Восточные ворота»
4. Амиржанов Р.М. - Заместитель Акима Мангистауской области;
5. Шажанбаева Г.Б. - Управляющий партнер ТОО «Юридическая компания «Самгау Консалтинг»
6. Сыдыков Н. А. - Заместитель Председателя Правления АО «Национальное агентство по экспорту и инвестициям «KAZNEX INVEST»
7. Абжаппаров А.А. - Председатель Правления АО «Управляющая Компания СЭЗ «Химический парк Тараз»
8. Искаков А. Н. - Председатель Правления АО «Караганда Инвест»
9. Отаров А.А. – Руководитель Администрации СЭЗ «Бурабай»
10. Тулегенов А.Т. - Председатель Правления СЭЗ «Морпорт Актау».
11. Кемелов Д.И. – Директор отдела строительства ТОО «Балтийский Дом»
12. Махамбетов У.С. - Директор ТОО «Казбиолайф»
13. Белович А. - Начальник отдела по таможенным оформлениям ТОО «Строительная компания «Базис»
14. Коновалов И.Н. - Заместитель директора ТОО «Стеклянный Дом»
15. Зарипов А.А. – Директор ТОО «Казахстанская продовольственная компания «КАZBRAND»
16. Мангизбаев Т. К. Директор ТОО «Астанинский бетонный комбинат «МАКСАТ»
17. Утебаев С.Н. – Директор ТОО «Zhibek Zholy Logistics»
18. Синицын А.А. – Директор ТОО «Тұлпар - Тальго»
19. Котляров С.Ю. – Директор ТОО «Кровля НС»
20. Шакшакбаев В.Ш. – Директор ТОО «Borovoe Tourism City»
21. Шауенова С. Б. - ТОО «Производственная инновационная компания «Ютария Ltd»
22. Закария Ғ.К. – Директор ТОО «Полимер Продакшн»
23. Иванов Е. Г. – Директор ТОО «Talgar Construction TC»
24. Ярослав Новак – Директор ТОО «Selena Insulations-Селена Инсулейшнс»
25. Амершина А. – Директор ТОО «BAS Consulting»
26. Нурберген Д. – Директор департамента юридическийТОО «KPI Inc.»
27. Бектасов А.К. – Директор ТОО «AquaCon»